在食品加工中直接着色不多，主要用于与 的黄色素如栀子黄色素、红花黄色素等配伍，调配出不同色泽的绿色素，与提取的叶绿素相比，用栀子蓝色素调配的绿色素色调可以控制、耐酸性好，可用于偏酸性的食品、饮料中。另外栀子蓝色素还可与各种 的红色素配伍，调配出不同色调的紫色。因此栀子蓝色素在食品加工中有较广阔的应用范围。

冷冻饮品（食用冰除外），果酱，腌渍的蔬菜，糖果，方便米面制品，粮食制品馅料，糕点，焙烤食品馅料及表面用挂浆，调味品（盐及代盐制品除外），果蔬汁类，蛋白饮料类，风味饮料（包括果味饮料、乳味、茶味咖啡味及其他味饮料），固体饮料类，配制酒，膨化食品等。